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Las siguientes recomendaciones están basadas en los resultados de los estudios comparativos realizados entre diferentes desinfectantes, así como las revisiones técnicas y guías de práctica clínica realizadas por las sociedades y organismos relacionados con la endoscopia y la prevención de enfermedades infecciosas.
El lavado automatizado de endoscopios permite una mejora en su desinfección porque disminuye el "factor error humano", es programable y estandarizado. También disminuye la exposición de los manipuladores a los desinfectantes utilizados.